La teoría de la evolución de Darwin es la idea ampliamente sostenida de que la vida está relacionada y que ha descendido de un ancestro común. Los pájaros y las bananas, los peces y las flores -- todos están relacionados. La teoría general de Darwin supone el desarrollo de la vida a partir de la no-vida y estresa un "descenso con modificación" puramente naturalista (no dirigido). Es decir, criaturas complejas evolucionaron de ancestros más simples naturalmente, con el paso del tiempo. Resumidamente, a medida que ocurren mutaciones genéticas al azar dentro del código genético de un organismo, las mutaciones beneficiales son preservadas, porque ellas ayudan a la supervivencia, un proceso conocido como "selección natural." Estas mutaciones beneficiales son pasadas a la siguiente generación. Con el tiempo, las mutaciones beneficiales se acumulan y el resultado es un organismo completamente diferente (no sólo una variación del original, sino una criatura completamente diferente).
Aunque la teoría de la evolución de Darwin es un arquetipo relativamente joven, la visión del mundo evolucionista en sí es tan vieja como la antigüedad. Antiguos filósofos griegos, tales como Anaximander postularon el desarrollo de la vida a partir de la no-vida y el descenso evolucionista del hombre a partir de animales. Charles Darwin simplemente trajo algo nuevo a la vieja filosofía -- un mecanismo plausible llamado "selección natural." La selección natural actúa para preservar y acumular ventajosas mutaciones genéticas menores. Suponga que un miembro de una especie desarrolló una ventaja funcional (le crecieron alas y aprendió a volar). Su cría heredaría esa ventaja y la pasaría a sus crías. Los miembros inferiores (desfavorecidos) de la misma especie morirán gradualmente, dejando sólo a los miembros superiores (favorecidos) de las especies. La selección natural es la preservación de una ventaja funcional que permite a la especie competir mejor en su hábitat. La selección natural es el equivalente naturalista a la cría doméstica. A través de los siglos, los criadores humanos han producido cambios dramáticos en poblaciones animales domésticas al seleccionar individuos para la cría. Los criadores eliminan gradualmente rasgos indeseables con el tiempo. Similarmente, la selección natural elimina gradualmente, con el tiempo, a las especies inferiores.
La teoría de la evolución de Darwin es un lento proceso gradual. Darwin escribió: "...La selección natural sólo actúa tomando ventaja de pequeñas variaciones sucesivas; ella nunca da un salto repentino, sino que debe avanzar con pasos cortos y seguros, aunque lentos. De esta manera, Darwin reconoce que: "Si se pudiera demostrar la existencia de cualquier órgano complejo, el cual no pudo haber sido formado por numerosas y pequeñas modificaciones sucesivas, mi teoría se desbarataría completamente. Tal órgano complejo sería conocido como un "sistema irreduciblemente complejo". Un sistema de complejidad irreducible es aquel compuesto de múltiples partes, todas las cuales son necesarias para el funcionamiento del sistema. Si tan sólo faltara una parte, el sistema entero dejaría de funcionar. Cada parte es integral. Por esto, tal sistema no pudo haber evolucionado lentamente, parte por parte. Una trampa común de ratones es un ejemplo no-biológico ordinario de complejidad irreducible. Está compuesta de cinco partes básicas: un gancho (para sostener la carnada), un poderoso resorte, una varilla delgada llamada "el martillo," una barra de seguridad, para mantener al martillo en su sitio, y una plataforma para armar la trampa. Si faltara cualquiera de esas partes, el mecanismo no funcionará. Cada parte es integral. La trampa de ratones es irreduciblemente compleja.
